Les élevages de volailles sont des sources potentielles de bactéries résistantes aux antibiotiques et c'est inquiétant !
La résistance aux antimicrobiens, la capacité des organismes à résister au traitement par des antibiotiques et d'autres antimicrobiens, est désormais l'un des problèmes les plus menaçants dans le monde entier.
Les chercheurs de l'Université de Nottingham se rapprochent davantage de la compréhension de la manière dont les bactéries, telles qu'E. coli et Salmonella enterica, partagent du matériel génétique qui les rend résistantes aux antibiotiques.
La résistance aux antimicrobiens (RAM), c'est-à-dire la capacité des organismes à résister au traitement par des antibiotiques et d'autres antimicrobiens, est maintenant l'un des problèmes les plus préoccupants dans le monde entier. Les élevages, leurs environnements environnants et les produits alimentaires issus de l'élevage ont été identifiés comme des sources potentielles d'infections résistantes pour les animaux et les humains.
Les élevages et la résistance aux antimicrobiens
Dans l'élevage, l'utilisation incorrecte et excessive d'antimicrobiens à large spectre administrés pour réduire les pertes de production constitue une contribution majeure connue à l'augmentation considérable et à la propagation de la résistance aux antimicrobiens.
Dans cette dernière étude, les scientifiques apportent une contribution significative en démontrant que différentes espèces de bactéries, coexistant au sein de la même communauté microbienne (par exemple, dans l'intestin du poulet), sont capables de partager du matériel génétique associé à la RAM et de mettre en œuvre des méthodes similaires.
Mécanismes de résistance
Cette découverte a des implications importantes car elle affecte notre compréhension de la RAM et pose des défis supplémentaires pour la mise en place de solutions de surveillance et de traitement/contrôle.
Cette étude, publiée dans Nature Communications, examine deux bactéries importantes présentes chez les animaux destinés à la consommation humaine : Escherichia coli et Salmonella enterica, qui présentent des niveaux élevés de résistance aux médicaments, sont courantes dans les environnements agricoles, ont des niveaux élevés de transmissibilité aux humains et provoquent des intoxications alimentaires.
La Dre Tania Dottorini, de la Faculté de médecine et de médecine vétérinaire de l'Université de Nottingham, est la chercheuse principale de l'étude. Elle a déclaré : "Ces espèces de bactéries peuvent partager du matériel génétique à la fois au sein de la même espèce et potentiellement entre espèces, ce qui favorise la propagation de la résistance aux antimicrobiens. C'est pourquoi comprendre jusqu'à quel point ces bactéries dans le même environnement, et surtout chez le même hôte, peuvent coévoluer et partager leur génome pourrait aider au développement de traitements plus efficaces contre la RAM".
L'équipe a recueilli 661 isolats de bactéries d'E. coli et de Salmonella chez les poulets et dans leur environnement dans 10 fermes avicoles et quatre abattoirs chinois sur une période de deux ans et demi. Ils ont effectué une analyse à grande échelle en utilisant des méthodes d'extraction de données et de séquençage d'ADN microbiologique conventionnel alimentées par l'apprentissage automatique.
Une étude novatrice !
Il s'agit de la première étude de ce type caractérisant le contenu génomique de deux espèces de bactéries à une telle échelle, en utilisant des échantillons prélevés chez les mêmes animaux, en même temps et dans des environnements réels (fermes et abattoirs).
Les principales découvertes indiquent qu'E. coli et Salmonella enterica, qui coexistent dans l'intestin du poulet par rapport à celles qui existent de manière isolée, présentent une plus grande proportion de matériel génétique lié à la résistance aux antimicrobiens, mettent en œuvre des mécanismes métaboliques et de résistance plus similaires et sont probablement le résultat d'une coévolution plus solide.
La Dre Dottorini déclare : "L'émergence et la propagation de la résistance aux antimicrobiens dans l'élevage sont un phénomène complexe découlant d'un réseau complexe d'interactions se produisant à de multiples échelles spatiales et temporelles et impliquant des échanges entre bactéries, animaux et humains dans de nombreux environnements microbiens interconnectés.
Des investissements plus que nécessaires !
"Investir dans l'exploration de données et les technologies d'apprentissage automatique capables de traiter des données hétérogènes à grande échelle est crucial pour la recherche sur la résistance aux antimicrobiens, en particulier lorsqu'on considère l'interaction entre les bactéries cohabitant, notamment dans des environnements écologiques où une sélection de la résistance est stimulée par la communauté.
"En fin de compte, ce travail a également montré que l'étude des espèces bactériennes individuelles prises isolément peut ne pas fournir une image suffisamment complète des mécanismes sous-jacents à l'émergence et à la propagation de la résistance aux antimicrobiens dans l'élevage, ce qui pourrait conduire à sous-estimer la menace pour la santé humaine."
Référence de l'article :
Michelle Baker et al, Convergence of resistance and evolutionary responses in Escherichia coli and Salmonella enterica co-inhabiting chicken farms in China, Nature Communications (2024). DOI: 10.1038/s41467-023-44272-1